地处涵江区中北部,距莆田城区17公里。辖区面积85.71平方公里。下辖萩芦、东张、双亭、洪南、崇圣、崇联、崇福、林美、潭井、深固、友谊、南下、利东、官林、梅洋、洪里、樟洋、水办、晏井、枫山20个村委会。镇人民政府驻萩芦溪畔崇圣村半南东路189号。
辖境在宋、元时属武化乡兴教里和唐安乡待贤里;明、清时属三区待贤里、兴教里;民国时属广业区。中华人民共和国成立后,先后属新县区、待贤区、十二区、十一区、涵江区,1958年属涵江公社,1965年由涵江公社析出,成立萩芦人民公社,1984年改为萩芦乡,1992年改为萩芦镇,在2002年前一直属莆田县辖区,2002年2月划归涵江区管辖。
萩芦镇地形复杂,山区有海拔500米以上山峰10座,其中双髻山为最高峰。境内主要溪流有萩芦溪、南坛溪等,外度引水渠在崇圣村建水力发电站一座。莆永公路纵贯境内19公里,萩南(坛)线全长12公里,萩白(云)线全长20公里。名胜古迹有江春霖故居“百廿间”、崇圣宫、萩芦溪大桥、桃源温泉古池,太平陂为莆田著名四大陂之一。
萩芦:莆田三大溪流之一的萩芦溪,发源于永泰交界的庄边,贯穿全境,然后流经江口镇,注入兴化湾。明弘治《兴化府志》载:“萩芦溪在(莆田)县东北四十五里”。清雍正三年(1725)在崇圣宫附近修建大桥,名“萩芦溪大桥”。1927年重建为水泥桥,大桥周围的村庄,因溪定名为萩芦。