1937年7月卢沟桥事变发生后，日本公然发动大规模的全面侵华战争，在这民族危亡的严重关头，中国共产党高举抗日的大旗，号召全国人民团结起来，抵抗日寇的侵掠，并倡议国共合作，共同抗日。中共闽中工委积极响应党的号召，主动发出和谈倡议，敦促国民党莆田当局停止内战，一致抗日。8月下旬，闽中国共两党经过多轮谈判，终于达成合作抗日协议，建立了抗日民族统一战线，掀起抗日救亡运动的浪潮。
1938年4月，闽中红军游击队奉命北上抗日后，中共闽中工委根据形势变化相应调整了斗争策略，从同国民党当局公开对抗转为合作抗日。同年8月，中共福建省委决定撤销闽中工委，成立莆田、泉州、福清3个中心县委，直属省委领导。中共莆田中心县委下辖莆田县委及仙游和永泰的工作，苏华担任中共莆田中心县委书记。三个中心县委成立后，在各自地区积极开展抗日救亡运动，激发广大人民群众抗日救国的热忱。
1939年 7月，中共福建省委为加强闽中地区党的领导，决定莆田、福清、泉州3个中心县委合并成立中共闽南特委，由李刚任书记，苏华、陈金来、蔡文焕、方子明、何素清、林阿郎为委员。特委成立后，从1939年至1940年先后开办5期干部训练班，培训了一批抗日骨干，为重建游击武装打下基础。
1939年，国民党开始实行消极抗战、积极反共的政策，中共闽南特委为保存有生力量，因地制宜地贯彻执行中央关于国统区党组织实行“荫蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”的方针，通过组织农会开展合法的斗争，并把领导机关从莆田城郊四亭村移驻莆（田）永（泰）交界的宁里村，便于隐蔽斗争。同时，党组织还批准一批党员以灰色面目加入国民党的有关组织，利用合法身份掩护党的活动。在隐蔽斗争中取得突出成效的是以灰色面目出现，打入闽中沿海伪军“福建和平救国军”内部，发展海上游击队，开展隐蔽斗争。1940年冬，中共莆田县委委员张伯庭派戴天宝、陈文通根据组织安排，以同乡和“绿林朋友”的身份打入驻在乌丘岛的伪军张天真部，得到张天真的信任。不久，戴天宝介绍张伯庭与张天真互认宗亲，结拜兄弟。此后，闽中党组织利用伪军扩充队伍的时机，先后4次组织游击队员潜入伪军张天真部，并掌握了该部的部分实权，建立了一支闽中党组织领导的隐蔽在伪军内部具有合法身份的抗日武装队伍。闽中游击队潜入伪军内部后，在做好隐蔽工作的同时，伺机与日、伪、顽展开斗争。如1942年底和1943年2月，闽中海上游击队先后两次率队袭击莆田前下盐场的国民党顽军，缴获步枪60多支，轻机枪一挺、手榴弹数百枚，充实了党的武装力量；1944年4月，驻守乌丘岛航灯塔的日军强抢伪军第二中队已购下的鱼，并殴打前去劝解的中队长，地下党组织利用这一事件，在伪军中进行抗日宣传鼓动，引起较大反响，连伪大队长张天真对日军的野蛮行为也大为愤慨，激起伪军的抗日情绪；1945年3月，一艘日军运载汽油的运输船途经乌丘海面，被海上游击队员陈天连率队拦截检查，在检查时，陈故意碰开自动卸货开关，使几百桶汽油滚入海面，事后，大部分油桶被地下群众打捞运往内地变卖充作抗日经费。闽中海上游击队就是通过这样的一系列隐蔽斗争，不仅保存了有生力量，而且发展了武装队伍，支援敌后斗争，至1945年6月，“东吴事件”发生前，已达到300多人枪，为抗日反顽斗争作出特殊的贡献。
1941年4月，日军首次入侵闽中沿海地区，占领了福清、长乐、连江等县和莆田沿海部分岛屿。日军在沦陷区烧杀抢掠、无恶不作的暴行，激起闽中人民团结御侮、共同抗日的斗志。福建省委为加强闽中地区抗日战争的领导，决定派熟悉闽中情况的黄国璋任中共闽南特委军事特派员，南下闽中，组织发展抗日游击武装，建立抗日据点，统一领导闽中地区的抗日游击战争。5月中旬，黄国璋来到中共闽南特委机关，立即召开特委机关主要干部紧急会议，会议根据省委指示和闽中地区的形势和特点，决定在日占区执行从隐蔽方针转变为广泛发动群众武装抗击日军的方针，利用抗日团体的合法地位开展抗日活动；在国统区继续贯彻执行“荫蔽精干”的方针，同时利用一切抗日的合法组织开展抗日救亡宣传活动，配合沦陷区的抗日武装斗争。
在组建抗日武装时，中共闽南特委决定利用隐蔽在长乐国民兵团担任副团长的秘密党员刘润世的有利条件，把福（清）长（乐）抗日游击大队并入长乐县抗日游击总队，以取得合法地位开展抗日斗争。同年6月，福长抗日游击大队加入游击总队，编为第二大队。随后，福清、闽侯、莆田、平潭等地的抗日武装也加入了抗日游击总队，奔赴前线，英勇杀敌，其中影响较大的是8月4日长乐琅尾港伏击战，击沉日艇一艘，击毙马(江)营(前)地区司令宫田中岛中佐、分队长村野等日军官兵42人，游击队无一伤亡。这次伏击战是福建抗日游击战中战果最为辉煌的一战，极大地鼓舞了全省人民抗战必胜的信心，打击了日军的嚣张气焰。长乐抗日游击总队和参战人员受到中共福建省委和华中局的表彰，也得到国民政府的嘉奖。同年9月，日军撤出闽中沿海地区。1944年9月，日军再次从连江登陆，侵占闽中沿海部分地区。由于国民党采取消极抵抗的态度，中共福建省委决定打出“福建人民抗日游击队闽中司令部”的旗号，任命黄国璋为司令员兼政委，公开进行抗日游击战争，担负起领导闽中人民抗日的重任，直到1945年5月，日军撤出福建沿海，闽中人民在中共福建省委的直接领导下取得了抗日战争的最后胜利。
抗日战争期间，闽中党组织坚决贯彻执行中共中央和福建省委的指示，领导闽中抗日武装在敌占区和敌后坚持开展抗日反顽斗争，有力打击日本侵略者，为夺取全国抗日战争的胜利作出积极的贡献。许多革命志士为抗战的胜利献出了宝贵的生命，他们是人民的英雄，民族的骄傲！
战争的烟云已经消散，但历史是不能忘记的。